كانت جامعة بنها فرع لجامعة الزقازيق منذ عام 1976 بقرار رئيس الجمهورية رقم 1142 بتاريخ 25/11/1976 وكانت تضم خمس كليات (الزراعة بمشتهر – الهندسة بشبرا – التجارة والطب البشري والتربية ببنها) - ثم تم صدور القرار الوزاري رقم 278 لسنة 1981 بإنشاء كلية العلوم والآداب ببنـها والطب البيطري بمشتهر وتم إنشاء كلية الحقوق كفرع من كلية حقوق الزقازيق عام 1990 وضمها لفرع بنها بالقرار الوزاري رقم 287 لسنة 1994 وكذلك تم إنشاء المعهد العالي للتمريض ببنها بالقرار الوزاري رقـــم 301 لسنه 1992 وبعد ذلك أصبحت كلية التمريض عام 1996.
تم ضـم كلية التربية النوعية لـفرع بنها بالقرار الوزاري رقم 329 بتاريخ 1/10/1998 صدر القرار الجمهوري رقم 84 لسنه 2005 بفصل فرع جامعة الزقازيق ببنها وأصبحت جامعة بنها
صدر القرار الجمهوري رقم 84 لسنة (2005) بفصل فرع جامعة الزقازيق ببنها وأصبحت جامعة بنها
تم ضم المعهد العالي للتكنولوجيا لجامعة بنها بالقرار الجمهوري رقم 83 بتاريخ 7/3/2006 كما تم إنشاء كلية الحاسبات والذكاء الاصطناعي بالقرار الجمهوري رقم 267 بتاريخ 20/7/2006م.
أسست كلية الزراعة عام 1911م والتي تعتبر من أقدم كليات الزراعة علي مستوي الجمهورية.